예과 2년과 본과 4년을 기본으로 하는 6년제 학제로 운영되며, 라식, 성형 등에서는 세계 최고 수준의 교육과정을 자랑한다. 교육 과정은 대부분 10명 이내 소수 인원을 대상으로 한 실기 위주 수업이며 본과 3, 4학년부터는 실제 병원에 나가 환자들을 만나는 임상실습 비중이 커진다.
사마르칸트 국립 의대 졸업 시 한국 의사시험 뿐 아니라 미국 의사시험인 USMLE 응시자격도 주어지는데, 그만큼 여러 국가로부터 교육과정의 우수성을 인정받고 있다.
한국 유학생들에게는 다양한 지원 체계를 갖추고 있다고 한다. 수업은 러시아어와 영어로 진행되는데, 러시아어를 영어로 통역해주는 통역사가 있어 언어 장벽에서 오는 문제를 비교적 수월하게 해결할 수 있다. 한국 학생들만 생활하는 단독 기숙사에서는 정규 수업에서 부족한 부분을 보완할 수 있는 보충 수업이 방과 후에 진행된다.
한국에서 사마르칸트 국립 의대로 유학을 갈 경우, 국내 의학전문대학원과 동일한 4년 과정 학사 편입을 통해 바로 본과 1학년으로 편입할 수 있다. 2018년 3월 현재, 약 25명의 한국 학생들이 학사 편입학을 통해 사마르칸트 국립 의대 본과 1~4학년에 재학 중이다.
본과 4년 과정을 이수하면 우즈베키스탄에서 의사 면허를 취득할 수 있고, 바로 한국으로 돌아와 의사 예비시험 및 국가시험에 응시할 수 있다. 졸업과 동시에 6월에 접수를 시작하는 국내 의사 예비시험부터 의사 국가고시 응시가 가능하다.
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